Только отгремела Куликовская битва, в которой святой благоверный князь Димитрий Донской по заступничеству Пресвятой Богородицы и по молитвам преподобного Сергия Радонежского разгромил полчища Мамая. В это время в Москву приезжает сурожский купец Стефан, по прозвищу Комра. Сын его также прозывался Комра, или Ховра, а внук имел уже фамилию Ховрин. Кто первым из них получил во владение вотчину на речке Лихоборке, мы не знаем, но известно, что в конце 16-го века здесь была построена церковь во имя Великомученика Георгия. Строил её потомок Стефана Василий Третьяков-Ховрин. Эта церковь была сожжена отступниками в Смутное время. Возродил храм могущественный боярин Василий Борисович Шереметев. К 1646 году был построен деревянный храм Святителя Николая с Георгиевским приделом, а в 1682 году - вторая летняя холодная церковь в честь иконы Божией Матери «Знамение». Церковь имела приделы Преподобного Сергия Радонежского и Святителей Московских Петра, Алексия и Ионы. Страдавший многими недугами, Василий Шереметев вскоре умер, и вотчина перешла в государственную казну. В 1700 году Ховрино по указу Петра I было подарено его сподвижнику, генерал-фельдмаршалу графу Федору Алексеевичу Головину, потомку Ховриных. По кончине графа село по наследству перешло его вдове Софье Никитичне, которая на старом ховринском погосте выстроила каменную Знаменскую церковь. В 1749 году в небольшой трапезной был устроен тёплый придел Святителя Николая, а в 1753-1754 годах - придел Мученика Севастиана и дружины его.
С конца 1750-х годов более полувека хозяйкой Ховрина была внучка Головиной Екатерина Петровна Барятинская. В 1811 году она продала имение князю Н.П. Оболенскому, который собирался расширить Никольский придел, но помешала война 1812 года. Французские солдаты сожгли усадьбу и осквернили храм.
В 1813 году Н.П. Оболенский всё же перестроил Никольский придел, Знаменский и Никольский престолы были вновь освящены, а Севастиановский придел более не возобновлялся. Не имея возможности восстановить сгоревшую усадьбу, Оболенский продал её в 1818 году Н.А. и Г.Д. Столыпиным. Столыпины повысили годовое жалованье причту с 350 рублей до 500 и сочли себя свободными от забот об усадебном храме. Церковь чуть было не закрыли. Столыпиным всё же пришлось её немного подремонтировать, и богослужения в храме продолжались.
В середине 1830-х годов половину усадьбы купил Л.И. Жемчужников, а в 1851 году он стал единственным владельцем. Затем усадьба по наследству перешла к его сыну П.Л. Жемчужникову, который продал ее в 1859 году московскому миллионеру, фабриканту Евграфу Владимировичу Молчанову.
Молчанов известен как благотворитель, строивший общежития для рабочих и школы. Он был старостой церкви Троицы на Грязех, рядом с которой имел дом на Покровке. На средства Молчанова этот храм был перестроен выдающимся московским архитектором Михаилом Доримедонтовичем Быковским. 
Евграф Владимирович Молчанов, перестроил усадьбу, пригласив в Ховрино знаменитого архитектора. Старый храм на берегу пруда было решено снести. Для строительства новой церкви Быковский выбрал сухое возвышенное место, которое огибалось сельской дорогой. Закладка нового храма состоялась 7 июля 1868 года.
Евграф Владимирович не дожил до открытия церкви, он почил о Господе в 1869 году. Отделкой храма занималась его вдова, Елизавета Иосифовна. Небольшой, но очень вместительный для села Ховринский храм вместе с тем представлял редкое явление среди деревенских церквей по внутренней отделке: мозаичный пол, мраморная облицовка стен, мраморный иконостас, иконы художественной работы, живопись на стенах; ризница храма считалась богатейшей в округе. Знаменский храм был освящен в 1870 году, а Никольский придел в подклете – в 1874 году.
В 1879 году Е.И. Молчанова она продала усадьбу С.Е. Панову, оставив за собой 5 десятин земли и несколько дач. В 1884 году в Ховрино был назначен молодой священник Василий Руднев, прослуживший в Знаменской церкви 18 лет. Он завёл церковную летопись, в которую вносил все известные ему сведения из древней истории и современной жизни прихода. Е.И.Молчанова в это время очень помогала церкви, но в 1890 году она покинула Ховрино, пожертвовав свою землю для устройства земского приюта для детей-сирот Подмосковья. В приюте была открыта начальная школа, где учились и ховринские крестьянские дети.
В 1895 году усадьбу приобрёл 1-ой гильдии купец Митрофан Семёнович Грачёв. Грачёв в очередной раз перепланировал усадьбу. На месте сожжённого дома по проекту архитектора Л.А.Кекушева был выстроен великолепный дворец, прообразом которого стал знаменитый игорный дом в Монте-Карло. Вновь отстроенную усадьбу с тех пор называют Грачёвкой. После смерти М.С. Грачева, вплоть до революции, хозяйкой усадьбы была его вдова Варвара Николаевна. На её средства архитектор Г. А. Кайзер перестроил отопление в Знаменской церкви: изначально тёплым был лишь Никольский придел, а с 1911 года стал отапливаться и верхний храм.
В 1900 году сиротский приют был из Ховрина переведён, его место заняла больница. Закрылась школа, крестьянским детям стало негде учиться. У о. Василия Руднева появилась новая забота - устроить в селе церковно-приходскую школу. Батюшка написал Молчановой, и она откликнулась, пожертвовав на строительство школьного здания крупную сумму. Вторым крупным жертвователем на школу стал художник-передвижник Кирилл Викентьевич Лемох. Помогли строительству церковный староста, владелец гончарного завода близ Ховрина В. С. Корсаков, архитектор Г. А. Кайзер, плотник Сорокин. Землю под школу выделили крестьяне. Деревянное здание было выстроено за два месяца и 9 сентября 1900 года освящено епископом Можайским Парфением (Левицким). Преосвященный совершил в Знаменской церкви Божественную литургию. Это было единственное в дореволюционное время посещение Знаменского храма архиереем. В эти годы в Никольском алтаре появился приставной престол мученика Евграфа, устроенный по-видимому по просьбе Молчановой.
В 1902 году о. Василий умер, оставив семерых детей. Вдова поехала к епархиальному начальству просить мужа для дочери своей Елизаветы, который стал бы преемником о. Василия. Выбор пал на сына московского диакона, выпускника Духовной Семинарии Константина Виноградова. Молодой священник оказался достойным преемником своего тестя. Старожилы помнят, что службу он вёл превосходно, имел хороший голос. Вместе с регентом Д. И. Кутузовым создал из местной молодёжи хор, который славился по всей округе. Отец Константин состоял законоучителем в Знаменской церковно-приходской школе, железнодорожном училище при станции Ховрино, двух земских училищах Петровских выселок. Церковь Знамения не имела ограды, её окаймляло плотное кольцо из акации. Поодаль стояли три усадьбы: священника и двух причётников. Отцу Константину, у которого было семеро детей, разрешили построить ещё один дом.
В 1918 году Грачёвых из усадьбы выгнали, во дворце и службах разместился сначала санаторий, а потом больница, находящаяся здесь и по сей день. За церковь и "чуждых трудовому народу служителей культа" новая власть взялась не сразу. Но уже в 1923 году руководство Петровской сельскохозяйственной академии, которой передали церковную землю, потребовали закрыть храм и устроить в нём общежитие. Церковь тогда не закрыли, лишь заставили прихожан заключать бесконечные условия с властями на право "отправлять культ" и сохранять за собой церковное здание и имущество. Подробная опись имущества, составленная в 1925 году, послужила в наши дни основой для восстановления главного иконостаса.
В 1928 году разобрать храм требовали уже железнодорожники со станции Ховрино. На её месте они намеревались построить клуб. Это им не удалось, но удар был нанесён. Сфабриковав донос на о. Константина, власти лишили его прихода, а семью выгнали из дома. Чтобы прокормить семью, он совершал заказные панихиды на Ваганьковском кладбище. Вместе с другими священниками служил он и на могиле любимого москвичами батюшки Валентина Амфитеатрова, что явилось поводом для обвинения о. Константина в контрреволюционной деятельности. В 1932 году он был арестован и отправлен в концлагерь, из которого не вернулся. При новом священнике Николае Касаткине в ховринском храме часто служил архимандрит Чудова монастыря Амвросий (Астахов). Его приютила одна из матушек Казанского Головинского монастыря, купившая в Ховрине дом. В 1937 году о. Николая и архимандрита Амвросия, а с ними и безместного священника Василия Лихарева в доме матушки арестовали и вскоре расстреляли.
С тех пор богослужения в Знаменском храме проводились эпизодически, а в 1939 году церковь закрыли официально. Некоторое время опечатанный храм не трогали, унесли лишь особо ценную утварь. Старожилы помнят, что до войны купола ещё стояли, а затем начался разгром: снесли купола и звонницы, сломали три горельефа, сожгли иконы. Уцелели только две из главного иконостаса - образа Спасителя и Богоматери "Знамение", а также образ святителя Николая из нижнего храма, их перенесли в Аксиньино.
Акацию вокруг церкви вырубили, территорию обнесли забором. В храме устроили фабрику для слепых, поставили станки, мозаичный пол залили асфальтом, а искусственный мрамор пропал под синей масляной краской.
В 1960 году Ховрино вошло в состав Москвы. Церковное здание было совершенно заброшено. Почерневшее от пожара, обезглавленное, оно предназначалось к сносу: земля по проекту отходила под эстакаду будущей скоростной трассы. Фабрику закрыли, в храме разместился склад. Территорию завалили металлоломом. Но строительство трассы отложили, и церковное здание уцелело. 
Когда в 1991 году образовалась православная община, храм довольно быстро и безболезненно был передан Русской Православной Церкви. Храм буквально поднимали из руин. В 1994 году полностью обновлён нижний храм во имя Николая Чудотворца. В верхнем Знаменском храме весной 1997 года был сделан мраморный пол и возобновлён искусственный мрамор на стенах. В церковь вернулись три иконы из аксиньинского храма, есть и новые пожертвованные образа: Богоматерь "Знамение", "Благодатное небо", "Скоропослушница" из Афонского Свято-Пантелиимонова монастыря. Восстановлен центральный купол и горельефы, возведены звонницы, отлиты новые колокола (в том числе 3-тонный и 5-тонный).
Коснулись реставрационные работы и территории храма. Установлен новый павильон - церковная лавка, где верующие могут приобретать различную литературу, иконы, церковную утварь, сувениры. Для наших маленьких прихожан благоустроена детская площадка, выстроен вместительный кирпичный церковный дом, установлена ограда. Приходская жизнь в Ховрине возродилась. Богослужения проводятся ежедневно. Теперь здесь несколько священников. В храме действует воскресная школа, в которой обучаются примерно 70 прихожан, детей и взрослых. На Рождественские и Пасхальные праздники ученики воскресной школы обязательно готовят праздничные спектакли. Возобновлён церковный архив, где собраны документы по истории и строительству храма. Издается журнал «Лампада», открылась православная гимназия «Лампада». Недавно открыл свои двери Культурно-просветительский центр, в котором регулярно проходят музыкальные концерты.